Θεσμοθετημένα όργανα που λειτουργούν στο ΕΚΑΒ είναι:
Επταμελές Επιστημονικό Συμβούλιο
Mέλη του Επιστημονικού Συμβουλίου είναι ιατροί ή άλλοι Επιστήμονες με αποδεδειγμένη γνώση και ενασχόληση στην άσκηση της Επείγουσας Προνοσοκομειακής Ιατρικής και με ανάλογη προσφορά στην οργάνωση και ανάπτυξη συστημάτων Επείγουσας Προνοσοκομειακής Ιατρικής.
Η Εκπαιδευτική Επιτροπή
Σκοπός της είναι η εκπόνηση και υλοποίηση εκπαιδευτικών προγραμμάτων στην Επείγουσα Προνοσοκομειακή, Ιατρική και Νοσηλευτική Φροντίδα.
Το Συντονιστικό Όργανο
Υπάγεται απ’ευθείας στον Πρόεδρο του Δ.Σ. Αρμοδιότητά του είναι:
Η έγερση όλων των προγραμμάτων παροχής Επείγουσας Προνοσοκομειακής, Ιατρικής και Νοσηλευτικής Φροντίδας και η ευθύνη υλοποίησής της.
Ο έλεγχος και η αξιολόγηση των συνολικά παερχομένων υπηρεσιών Επείγουσας Προνοσοκομειακής, Ιατρικής και Νοσηλευτικής Φροντίδας και η λήψη μέτρων για τη συνεχή βελτίωσή τους.
Ο συντονισμός και έλεγχος λειτουργίας όλων των Ιατρικών και Νοσυλευτικών Τμημάτων του ΕΚΑΒ και των παραρτημάτων τους.
Ο Τομέας Πρόληψης Ατυχημάτων
Σκοπός του είναι η μελέτη και επιστημονική τεκμηρίωση των αιτιών που προκαλούν ένα ατύχημα και η εισήγηση μέτρων πρόληψης.
Επιτροπή Οδικής Ασφάλειας
Η Επιτροπή Οδικής Ασφάλειας του Υπουργείου Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης & Κοινωνικής Αλληλεγγύης στεγάζεται στο ΕΚΑΒ, υποστηρίζεται από υπαλλήλους του ΕΚΑΒ και συνεργάζεται με τον Τομέα Πρόληψης Ατυχημάτων του ΕΚΑΒ.
Ομάδα Διαχείρισης Κρίσεων (ΟΔΙΚ)
Συστάθηκε το 2004 με απόφαση του Δ.Σ. για την αντιμετώπιση καταστροφών μεγάλης κλίμακας ατυχημάτων, και μαζικών απωλειών υγείας. Διοικητής της ΟΔΙΚ είναι ο Πρόεδρος του ΕΚΑΒ και τα μέλη της βρίσκονται σε διαρκή ετοιμότητα.