Στις αρμοδιότητες του ΕΚΑΒ είναι και η διακομιδή προώρων και προβληματικών νεογνών από υγειονομικούς σχηματισμούς της Ελληνικής περιφέρειας αλλά και της περιοχής της πρωτεύουσας προς εξειδικευμένα κέντρα νοσηλείας νεογνών.
Το ΕΚΑΒ διαθέτει όλο τον απαραίτητο εξειδικευμένο εξοπλισμό και έμπειρο προσωπικό για την πραγματοποίηση τόσο αεροδιακομιδών όσο και επίγειων διακομιδών νεογνών. Ακόμη συντονίζει διακομιδές νεογνών με πλωτά μέσα.
Δεν είναι λίγες οι φορές που το ΕΚΑΒ πραγματοποιεί διακομιδές νεογνών όταν είναι ακόμη στην μήτρα της μητέρας τους (μεταφορά in utero). Με άλλα λόγια διακομίζει τις επίτοκες (έτοιμες να γεννήσουν) μητέρες τους σε ειδικά κέντρα για να εξασφαλίσει ασφαλείς συνθήκες στη μητέρα και το νεογνό.
Μεταξύ άλλων το ΕΚΑΒ διαθέτει Κινητή Μονάδα Μεταφοράς Νεογνών στην περιοχή της Αττικής. Το αυτοκίνητο διαθέτει θερμοκοιτίδα διακομιδής νεογνών με ενσωματωμένο αναπνευστήρα πίεσης για την εφαρμογή μηχανικού αερισμού και απαιτούμενο εξοπλισμό για την ασφαλή διακομιδή προώρων και προβληματικών νεογνών .
Πρόκειται για τη δεύτερη Εξειδικευμένη Μονάδα Μεταφοράς Νεογνών στην Ελλάδα, με την πρώτη να λειτουργεί με έδρα το Νοσοκομείο Παίδων «Αγ.Σοφία».
Το εξάμηνο Δεκέμβριος 2004-Ιούνιος 2005 το ΕΚΑΒ πραγματοποίησε με πλωτό ή εναέριο μέσο 38 διακομιδές επιτόκων και 52 διακομιδές νεογνών. Ακόμη κατά το εξάμηνο Οκτώβριος 2004- Μάϊος 2005 η Κινητή Μονάδα Μεταφοράς Νεογνών πραγματοποίησε 264 μεταφορές νεογνών στην περιοχή Αττικής εκ των οποίων τα 29 ήταν διασωληνωμένα.