Το Διοικητικό Συμβούλιο του ΕΚΑΒ αποτελεί το ανώτατο όργανο που διοικεί το ΕΚΑΒ. Το ΔΣ αποφασίζει και προβαίνει σε κάθε νόμιμη ενέργεια που συμβάλλει στην πραγματοποίηση των στόχων και σκοπών του ΕΚΑΒ. Οι αρμοδιότητες του Δ.Σ., οι υποχρεώσεις και τα καθήκοντα του Προέδρου και Αντιπροέδρου καθώς και ο τρόπος εκλογής των αιρετών μελών ορίζονται με την υπ’ αριθμ. Υ4β/9919/Φ25/16-2-1993 απόφαση του Υπουργού Υγείας (ΦΕΚ 125Β/5-3-1993).
Σύμφωνα με την υπ’ αριθμ. Αριθμ. Γ4β/ΓΠ.84465 απόφαση του Υπουργού Υγείας (ΦΕΚ 1092/ΥΟΔΔ/23-12-2019 και ΦΕΚ 265/ΥΟΔΔ/10-04-2020), η σύνθεση του Διοικητικού Συμβουλίου του ΕΚΑΒ σήμερα διαμορφώνεται ως εξής:
- Παπαευσταθίου Νικόλαος του Παναγιώτη, πτυχιούχο τμήματος Αγρονόμων και Τοπογράφων Μηχανικών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου, ως Πρόεδρος του Συμβουλίου με αναπληρωτή του τον Στεργιόπουλο Σπυρίδωνα του Αγγέλου, Αναπλ. Καθηγητή Χειρουργικής ΕΚΠΑ-ΓΝΑ «ΙΠΠΟΚΡΑΤΕΙΟ».
- Κουτσουμπέλης Παναγιώτης του Κωνσταντίνου, Πτυχιούχος Τμ. Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών Παντείου Παν/μίου, Αντιπρόεδρος του ΔΣ (με καθεστώς πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης, δυνάμει των οριζομένων στο άρ. 35 του ν. 3370/2005) και ως τακτικό μέλος, με αναπληρωτή του τον Ηλία Γεώργιο του Παναγιώτη, Ιατρό Γεν. Χειρουργικής.
- Αγρανιώτης Μιχαήλ του Γεωργίου, Οδοντίατρος, Αντιπρόεδρος του ΔΣ και ως τακτικό μέλος, με αναπληρωτή του τον Παυλάκη Εμμανουήλ του Γεωργίου, Ιατρό Γεν. Χειρουργικής.
- Καψιώχα Παρασκευή του Γεωργίου, Προϊσταμένη της Δ/νσης Ανθρώπινου Δυναμικού Νομικών Προσώπων του Υπουργείου Υγείας, ως τακτικό μέλος-εκπρόσωπος του Υπουργείου, με αναπληρώτρια της τη Φακουκάκη Βασιλική του Ιωάννη, Προϊσταμένη της Δ/νσης Ανθρώπινου Δυναμικού και Διοικητικής Υποστήριξης του Υπουργείου Υγείας.
- Μπαρμπάκος Ευάγγελος του Γεωργίου, Δημοτικός Σύμβουλος Καλλιθέας – μέλος του ΔΣ της ΚΕΔΕ, ως τακτικό μέλος – εκπρόσωπος της ΚΕΔΕ, με αναπληρωτή του τον Μουράτογλου Ιωάννη του Παντελή, Δημοτικό Σύμβουλο Έδεσσας Γεν. Γραμματέα της ΚΕΔΕ.
- Παπανικολάου Σπυρίδων του Μελετίου, Δ/ντής ΕΣΥ – Γεν. Χειρουργός – Εντατικολόγος, ως τακτικό μέλος-εκπρόσωπος των ιατρών του ΕΚΑΒ, με αναπληρώτρια του την Ζυγούρα Αναστασία, ΠΕ-Ιατρό, Αναισθησιολόγο.
- Παπαδήμας Σταύρος του Γρηγορίου, ΔΕ – Πληρωμάτων Ασθενοφόρων, ως τακτικό μέλος – εκπρόσωπος εργαζομένων (πλην ιατρών) του φορέα, με αναπληρωτή του τον Δεβελόγλου Πρόδρομο του Συμεών, ΔΕ – Πληρωμάτων Ασθενοφόρων.
- Δηητρακάκη Αγγελική Ινετζη του Κωνσταντίνου-Σεραφείμ, Ιατρό Καρδιολόγο-Εντατικολόγο, ως τακτικό μέλος – εκπρόσωπο του Πανελληνίου Ιατρικού Συλλόγου, με αναπληρωτή της τον Παπανδρούδη Ανδρέα του Αποστόλου, Ιατρό Οφθαλμίατρο.
Η θητεία των μελών του Διοικητικού Συμβουλίου του φορέα είναι τετραετής (άρ. 30 του ν. 4633/2019).